Im Vergleich zu einem berechneten, durchschnittlichen schweizerischen Assistenzarzt-Spitallohnes (unabhängig vom Weiterbildungsjahr) ist der mitfinanzierte Lohnansatz im WHM-Programm um rund einen Fünftel reduziert. Dieser Assistenzarzt-Lohn für eine Vollzeitanstellung beträgt aktuell monatlich Fr. 6‘500.-- brutto (inkl. Anteil 13.Monatslohn und Gratifikation).
Die Stiftung WHM finanziert 50% dieses Lohnes (zuzüglich Arbeitgeber-Beiträge an die Sozialversicherungen). Der Lehrpraktiker übernimmt die anderen 50% dieses Programm-Lohnes (zuzüglich Arbeitgeber-Beiträge an die Sozialversicherungen). Als Ausgleich für den Lohnverzicht des Assistenzarztes gilt in der Lehrpraxis eine Wochenarbeitszeit von 43 Stunden (bis max. 50 Stunden) und die Weiterbildung soll gegenüber der Dienstleistung stärker gewichtet sein als an einer durchschnittlichen Spitalstelle.
Lehrpraktiker und Assistenzarzt sind frei, einen höheren Lohn als den mitfinanzierten Programm-Lohn zu vereinbaren (z. Bsp. Spitallohn). Der Lehrpraktiker kommt in diesem Fall für die vollständige Lohn-Differenz (inkl. Arbeitgeber-Beiträge) selber auf.

Wenn der Assistenzarzt einen üblicherweise an diesem Tag in der Praxis tätigen Arzt vertritt, gilt dies als Stellvertretung (mit oder ohne direkte Betreuung).
Bei Stellvertretung ohne direkte Betreuung (durch den Lehrpraktiker) entfällt die Mitfinanzierung der Stiftung WHM zu Lasten des Lehrpraktikers. Diese Regelung gilt auch in einer Gruppenpraxis bei Vertretung des Lehrpraktikers, selbst wenn der Assistenzarzt von einem anderen Arzt der Gruppe (ohne Anerkennung als Lehrpraktiker im Programm) betreut wird. Die Stellvertretung ohne direkte Betreuung stellt die Supervisionsstufe 0 dar.
Wenn in einer Gruppenpraxis der Assistenzarzt einen anderen Arzt vertritt, aber weiterhin vom anerkannten Lehrpraktiker betreut wird (Supervisionsstufe 1-5), beschränkt sich der Beitrag der Stiftung WHM auf 10% der mitfinanzierten Lohnkosten. Der Rest ist vom Lehrpraktiker aufzubringen (Stellvertretung mit Betreuung).
Die entsprechenden Angaben über die Stellvertretungstage sind auf der mit dem Arbeitsvertrag verschickten Liste der Stellvertretungstage und Spesen einzutragen und am Schluss der Praxisassistenz bei der Stiftung WHM einzureichen.
Im ersten Monat der Praxisassistenz (bei Teilzeit-Anstellung entsprechend länger) und in der letzten Woche ist keine Vertretung durch den Assistenzarzt zulässig. Die Vertretungszeit (ohne direkte Betreuung durch den Lehrpraktiker) darf pro 6 Monate Praxisassistenz nicht mehr als 4 Wochen gem. Beschäftigungsgrad ausmachen, d.h. max. 3 1/3 Stellvertretungstage pro Arbeitsmonat (WBO Art.34). Somit sind max. 20 unbetreute Stellvertretungstage zulässig. Auch muss in diesen Fällen ein anderer Hausarzt auf Abruf verfügbar sein.

Die Assistenzarzt-Löhne werden monatlich von der Stiftung WHM ausbezahlt. Der Lehrpraktiker muss seinen Beitrag an die Lohnkosten ebenfalls monatlich an die Stiftung WHM überweisen. Am Schluss der Praxisassistenz wird eine abschliessende Abrechnung inkl. Abrechnung allfälliger Stellvertretungstage und der Spesen gemacht.

Es ist möglich, die Praxisassistenz im Programm über die maximal mitfinanzierten 6 Monate (à 100%) hinaus weiter zu führen. Die gesamten Lohnkosten für die weiteren Monate werden dann voll dem Lehrpraktiker in Rechnung gestellt. Zusätzlich wird von der Stiftung WHM ein Beitrag an die Kosten der Programmadministration erhoben.

Nach Absprache ist es zwecks administrativer Entlastung des Lehrpraktikers möglich, die Administration von vollständig durch den Lehrpraktiker finanzierten Praxisassistenzen über die Programmadministration der Stiftung WHM abzuwickeln und damit vom Versicherungspaket der Stiftung WHM zu profitieren. Je nach Situation wird dafür eine Administrations-Entschädigung in Rechnung gestellt.

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